Het orgel
Reeds vanaf het begin van de 16de eeuw is er sprake van orgels en orgelmakers in de rekeningen van de Edele Confrérie. In de archieven staan verschillende orgelbouwers vermeld die reparaties uitvoerden of een nieuw orgel plaatsten gedurende de 16de, 17de en 18de eeuw.
Belangrijke namen zijn Lauwereyns Veldam, Jan Waghers (16de eeuw), Crespin du Bois, Boudewijn Ledou (17de eeuw).
In 1751 schonk Isabelle Claesman, dochter van de Baron van Male, een nieuw orgel gemaakt door de befaamde Brugse orgelbouwer Andries Jacob Berger (1712 - 1774). Dit waardevolle instrument werd vernietigd of verdween tijdens de Franse revolutie.
De Brugse orgelbouwer Hooghuys vervaardigt een nieuw orgel in 1836. Dit wordt geplaatst op een nieuw oksaal in de westgevel. Voor de plaatsing van een nieuw glasraam moest dit oksaal echter verdwijnen. Het oksaal met orgel werd afgebroken in 1854 en doorverkocht aan onderpastoor Slock uit Roeselare. Het laat-romantisch orgel dateert van 1912, en is van de hand van orgelbouwer Jules Anneessens uit Menen.
De organisten van de basiliek waren in de loop van de geschiedenis meestal ook organist van de Sint-Donaaskathedraal op de Burg.
Organist Eric Hallein
Eric Hallein is sinds september 2012 als organist verbonden aan de Heilig Bloedbasiliek. Hij is ook artistiek leider van de Orgelkring Adriaen Willaert die concerten organiseert in de regio Brugge/Roeselare, zie: www.organassociation-adriaenwillaert.com. Naast zijn diploma Master in de Muziek specialisatie orgel, behaalde hij tevens de Hogere Diploma's voor klavecimbel en kamermuziek. Hij studeerde aan het Koninklijk Conservatorium van Brussel en het Conservatorium van Maastricht.
In 1981 werd Eric Hallein Laureaat van de Stichting Horlait-Dapsens. Als concertorganist trad hij op in de meeste landen van Europa alsook in Zuid-Afrika, de Verenigde Staten en Vietnam. Hij maakte verschillende opnames voor de Belgische radio, de Spaanse radio en de Poolse TV. Daarnaast realiseerde hij o.a. de cd's: "Symfonische orgelmuziek uit Vlaanderen", "Flor Peeters Organworks" en "Orgelklanken uit het Brussels Conservatorium" met muziek van Lemmens, Widor, Tinel en Jongen.
Van 1981 tot 1996 doceerde Eric Hallein Praktische Harmonie aan het Koninklijk Conservatorium van Brussel en ook korte tijd aan het Koninklijk Conservatorium van Gent. Verder was hij leraar begeleidingspraktijk, orgel, klavecimbel, ensemble, klavierklas en kamermuziek aan de Academies van Ieper, Menen en Roeselare, waar hij ook klavecimbel- en pianobegeleider was.